Η Ιερά Μονή του Αγίου Αθανασίου βρίσκεται 3 χλμ. περίπου ανατολικά του Κουβαρά, επί της οδικής αρτηρίας προς το Πόρτο Ράφτη, σε μια ακατοίκητη περιοχή, ανάμεσα στους λόφους Μισονήσι και Κοπρερέρα.